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アイテム
線形の遺伝子発現パターンによるクラスタリングと転写制御領域のコンセンサス配列の比較ゲノムによる新しいアレイデータ解析プログラム
https://repo.qst.go.jp/records/69668
https://repo.qst.go.jp/records/69668f002281b-4ff0-484e-a68b-aec895d3d2ca
| Item type | 会議発表用資料 / Presentation(1) | |||||
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| 公開日 | 2008-12-25 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | 線形の遺伝子発現パターンによるクラスタリングと転写制御領域のコンセンサス配列の比較ゲノムによる新しいアレイデータ解析プログラム | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_c94f | |||||
| 資源タイプ | conference object | |||||
| アクセス権 | ||||||
| アクセス権 | metadata only access | |||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_14cb | |||||
| 著者 |
三浦, 研璽
× 三浦, 研璽× 瀧, 景子× その他× 瀧 景子 |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | 従来の網羅的遺伝子発現解析手法は、コントロールとある条件下の二点比較による静的な解析が一般的であった。我々は、同一の方向性を持った実験系におけるサンプル、すなわちパラメータの線形変化（例えば経時的な多点比較サンプル）を解析可能な場合に、SHAFT(https://ebraille.medkobe-u.ac.jp/SHAFT/)のアルゴリズムを用いた動的な網羅的遺伝子発現解析から、生命機能の解明に至る事が可能であった（Phy Gen 30,102-110, 2007）。 そこで今回、我々はSHAFTアルゴリズムを採用したマイクロアレイデータ解析プログラムを開発したので報告する。この解析プログラムのアルゴリズムは、まず複数のマイクロアレイデータの読み込み、パラメータの線形変化と対照群を基準とした遺伝子発現の量的変化を指標にグラフ化した波形（発現パターン）により遺伝子をクラスタリングする。次に、クラスタリングした遺伝子群の転写制御領域に存在する、転写因子が結合可能なコンセンサス配列を検索する。この時、検索したコンセンサス配列の出現位置情報と頻度を集計する。そして、遺伝子群の転写制御領域に共通のコンセンサス配列から候補となる転写因子を抽出する。なお、抽出された転写因子の遺伝子がマイクロアレイ上に存在する場合、自動的にその遺伝子発現パターンの参照することで追加実験を少しだけ省ける可能性を付与した。このアレイデータからまたアレイデータを参照する部分の特徴を考え、Boomerangと名付けた。加えて、転写制御領域におけるコンセンサス配列の位置情報の一覧表示機能、クラスタリングした遺伝子群のうち任意の遺伝子を対象にした解析機能なども実装した。 このプログラムは、CGI(Common Gateway Interface)を用いてWebブラウザから利用可能にし、インターネット上に制限付きで公開した(https://suzume.med.kibe-u.ac.jp/)。 |
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| 会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等） | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会 合同大会 | |||||
| 発表年月日 | ||||||
| 日付 | 2008-12-12 | |||||
| 日付タイプ | Issued | |||||
