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アイテム
RefSeqの制限酵素フラグメント仮想解析による高網羅度遺伝子発現解析（HiCEP）法のトランスクリプトーム測定能力推定
https://repo.qst.go.jp/records/67975
https://repo.qst.go.jp/records/679755b6b242a-0e5f-46b3-9b2c-cff44f5991e2
| Item type | 会議発表用資料 / Presentation(1) | |||||
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| 公開日 | 2004-12-14 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | RefSeqの制限酵素フラグメント仮想解析による高網羅度遺伝子発現解析（HiCEP）法のトランスクリプトーム測定能力推定 | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_c94f | |||||
| 資源タイプ | conference object | |||||
| アクセス権 | ||||||
| アクセス権 | metadata only access | |||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_14cb | |||||
| 著者 |
齋藤, 俊行
× 齋藤, 俊行× 齋藤 俊行 |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | HiCEP:High coverage expression profiling法は、安倍らが報告した網羅的遺伝子発現解析手法であり、試料中の全ポリA＋RNAをcDNAへ変換後制限酵素切断し、増幅断片鎖長解析することで網羅度の高い遺伝子発現解析をおこなう。本法は遺伝子の資源化を前提としない柔軟な網羅的遺伝子発現解析技術である（Fukumura, R. et al. Nucleic Acids Res. 2003, 31:e94）。しかしいくつかの技術的要因から、実際のHiCEP法実施時に試料RNAが遺漏なく測定されているわけではない。同法ではcDNAの制限酵素断片をPCR増幅し高解像度電気泳動により分画して検出するので、使用する制限酵素認識部位の有無や、生成する制限酵素断片の鎖長によっては、測定不能または測定範囲外となる転写産物が一定数存在するためである。資源化された有限個の遺伝子資源を支持体上に固定化し試料RNAのハイブリダイゼーション量を測定するDNAアレイ技術群では、固定化した遺伝子数が測定対象数となる。一方、原理上HiCEP法では測定対象RNAの種類は予め限定されない（裏を返せば測定対象数を知ることはできない）ので、測定網羅度が高いであろうことは予想されるものの網羅度を評価する目安がなかった。今回、mRNAの配列情報が豊富なヒト（およびマウス）データセットについてHiCEP標準プロトコールによる制限酵素断片生成のシミュレーションをおこない、同法の測定網羅度に関する評価を試みた。 UniGene mouse build137データセットの33434遺伝子クラスタから各代表配列を選び、生成するであろう制限酵素断片の配列と鎖長をデータベース化し、HiCEP法の技術的測定範囲に納まる断片亜集団を求めたところ、24912（74.5%）が測定可能となった。断片が短過ぎ、あるいは長過ぎて測定範囲外となるものは、1.6%と5.5%であった。標準プロトコール制限酵素部位が無いために測定不能となるものは18.4%となった。 | |||||
| 会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等） | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 第２７回日本分子生物学会年会 | |||||
| 発表年月日 | ||||||
| 日付 | 2004-12-11 | |||||
| 日付タイプ | Issued | |||||
