WEKO3
アイテム
マウスES細胞,E14,HiCEPピークデータベースの構築
https://repo.qst.go.jp/records/67974
https://repo.qst.go.jp/records/67974c739a33a-4a89-473c-8b41-eca9e286f704
| Item type | 会議発表用資料 / Presentation(1) | |||||
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| 公開日 | 2004-12-14 | |||||
| タイトル | ||||||
| タイトル | マウスES細胞,E14,HiCEPピークデータベースの構築 | |||||
| 言語 | ||||||
| 言語 | jpn | |||||
| 資源タイプ | ||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_c94f | |||||
| 資源タイプ | conference object | |||||
| アクセス権 | ||||||
| アクセス権 | metadata only access | |||||
| アクセス権URI | http://purl.org/coar/access_right/c_14cb | |||||
| 著者 |
福村, 龍太郎
× 福村, 龍太郎× 福村 龍太郎 |
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| 抄録 | ||||||
| 内容記述タイプ | Abstract | |||||
| 内容記述 | HiCEPはAFLP法を基本にした発現プロフィール解析技術であり、転写物の約70%を検出する。解析にシーケンス情報を必要としない為に、未知遺伝子も解析対象となり、あらゆる生物の解析が可能である。従来のAFLP技術と異なり、PCR時のプライマーミスアニールによるピークの擬陽性率は5%以下であり、各ピークと遺伝子（転写領域）を1:1に決定できる。しかしながら解析手法が煩雑なこと及び解析後のピーク分取、シーケンス決定が必要な事が今後の問題である。今回我々はES細胞のトランスクリプトームを明らかにすることと解析後の分取の必要をなくすことを目的に、マウスES細胞株E14を用い、HiCEPピークデタの構築を試みた。その結果、約38,000のピークを検出し、その内約16,000のピークの転写領域（遺伝子）を決定した。このうち約14%は未知転写物であった。又残りの既知転写物にもこれまでES細胞での発現が報告されていないものが多数含まれていた。現在詳細な統計処理を行っており最終的数字は若干異なったものになるかもしれない。HiCEPでは発現量の少ない転写物も、他の転写物同様検出される。これはピークが電気泳動で分離されるため、発現量の大きなものに小さなものが隠れないためである。このような理由でこれまで検出が困難だった遺伝子も多数検出されたと考えられる。とはいうものの、分取効率は発現量に依存し、発現量の極めて低いものの分取は困難である（この点に関しても最近大きな進歩があった）。今回の結果を基にmRNAのポリAテール以外のA rich 領域からの逆転写産物、制限酵素の不完全消化による産物等の割合等を明らかにし、実際のES細胞のトランスクリプトームを議論したい。 | |||||
| 会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等） | ||||||
| 内容記述タイプ | Other | |||||
| 内容記述 | 第２７回日本分子生物学会年会 | |||||
| 発表年月日 | ||||||
| 日付 | 2004-12-11 | |||||
| 日付タイプ | Issued | |||||
