{"created":"2023-05-15T14:51:05.661111+00:00","id":69846,"links":{},"metadata":{"_buckets":{"deposit":"015285e3-d4cb-49b7-9a82-96168eb5ce93"},"_deposit":{"created_by":1,"id":"69846","owners":[1],"pid":{"revision_id":0,"type":"depid","value":"69846"},"status":"published"},"_oai":{"id":"oai:repo.qst.go.jp:00069846","sets":["10:28"]},"author_link":["685741","685740","685737","685738","685736","685739"],"item_10005_date_7":{"attribute_name":"発表年月日","attribute_value_mlt":[{"subitem_date_issued_datetime":"2008-12-12","subitem_date_issued_type":"Issued"}]},"item_10005_description_5":{"attribute_name":"抄録","attribute_value_mlt":[{"subitem_description":"現在、EST（Expressed Sequence Tag）データベース（NCBI:dbEST）には、ヒト（約800万配列）を含め、登録配列30万以上の生物種が26存在している。また、次世代シーケンサの登場により、今後登録数が加速度的に増加する可能性が高い。しかし多くの種では、転写産物のORF予測も機能注釈も存在しない場合が多い。そこで我々は、ESTをデータ処理し網羅的に注釈情報を付与した、検索可能な大規模システムを簡易に提供する方法の検討を行った。我々はこれまで、ヒト・マウス・ラットの転写産物群を由来遺伝子ごとにクラスタリング・アセンブルし、配列集団の冗長性を整理、仮想的な最大長cDNA（コンセンサス配列）を作成、これに対する既知蛋白質との類似性情報をデータベース化する作業を継続して行ってきた（http://www.assest.com/）。このデータベースでは、由来遺伝子、関連するEST群、類縁遺伝子情報、そして、in silicoで伸張された当該コンセンサス配列とRACE実験のための情報を検索により得ることができる。今回は、まず既存システムで、ゲノム解読が困難で産業的に重要なトウモロコシZea mays（NCBI dbEST July 4, 2008登録配列数: 1,464,448）について、NCBIのUniGene（Build #69 Zea mays）の情報を利用しデータベースを作成、その有用性の確認を試みた。総UniGeneCluster数70,754（mRNAを含むCluster：6,233、未知遺伝子と思われるCluster：64,521、登録配列数：1,033,691）についてアセンブルをした結果、110,622のコンセンサス配列を得、内27,867 (25%)が1000base以上伸長したと考えられる配列であった。また、未知遺伝子にも、他生物の既知蛋白質を利用してORF探索と多くの注釈情報を付与することができた。データベース作成期間は約2ヶ月であった。よって、100万配列程度の種であれば、既存システムでも、短期間で転写配列を整理・整頓し、有用な注釈情報を付与することができ、大規模転写配列解析の有効なツールとなり得ることがわかった。また、本システムが大規模転写配列の解析に貢献できるものと考えている。","subitem_description_type":"Abstract"}]},"item_10005_description_6":{"attribute_name":"会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等）","attribute_value_mlt":[{"subitem_description":"第31回日本分子生物学会年会","subitem_description_type":"Other"}]},"item_access_right":{"attribute_name":"アクセス権","attribute_value_mlt":[{"subitem_access_right":"metadata only access","subitem_access_right_uri":"http://purl.org/coar/access_right/c_14cb"}]},"item_creator":{"attribute_name":"著者","attribute_type":"creator","attribute_value_mlt":[{"creatorNames":[{"creatorName":"佐藤, 伸司"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685736","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"依田, 勝徳"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685737","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"湯野川, 春信"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685738","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"齋藤, 俊行"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685739","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"その他"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685740","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"齋藤 俊行","creatorNameLang":"en"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"685741","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]}]},"item_language":{"attribute_name":"言語","attribute_value_mlt":[{"subitem_language":"jpn"}]},"item_resource_type":{"attribute_name":"資源タイプ","attribute_value_mlt":[{"resourcetype":"conference object","resourceuri":"http://purl.org/coar/resource_type/c_c94f"}]},"item_title":"大規模転写配列の網羅的注釈情報データベースの構築","item_titles":{"attribute_name":"タイトル","attribute_value_mlt":[{"subitem_title":"大規模転写配列の網羅的注釈情報データベースの構築"}]},"item_type_id":"10005","owner":"1","path":["28"],"pubdate":{"attribute_name":"公開日","attribute_value":"2009-09-14"},"publish_date":"2009-09-14","publish_status":"0","recid":"69846","relation_version_is_last":true,"title":["大規模転写配列の網羅的注釈情報データベースの構築"],"weko_creator_id":"1","weko_shared_id":-1},"updated":"2023-05-15T20:09:45.804823+00:00"}