{"created":"2023-05-15T14:48:55.542869+00:00","id":67020,"links":{},"metadata":{"_buckets":{"deposit":"db221d72-c409-452d-b85b-26aba3569337"},"_deposit":{"created_by":1,"id":"67020","owners":[1],"pid":{"revision_id":0,"type":"depid","value":"67020"},"status":"published"},"_oai":{"id":"oai:repo.qst.go.jp:00067020","sets":["10:29"]},"author_link":["658756","658755"],"item_10005_date_7":{"attribute_name":"発表年月日","attribute_value_mlt":[{"subitem_date_issued_datetime":"2018-11-30","subitem_date_issued_type":"Issued"}]},"item_10005_description_5":{"attribute_name":"抄録","attribute_value_mlt":[{"subitem_description":"蛋白質とリガンドの相互作用に関する知見は、生体分子機能の解明や薬剤分子の開発に欠かせない。標的蛋白質に選択的に結合するリガンドを設計し、蛋白質の働きを調整できれば、病気の治療など医療応用につながる。これまで、X線・中性子やNMR による分子構造解析や、結合定数の熱力学測定が行われてきた。しかし、生体内で薬剤として働くリガンドの効能は、結合定数の平衡論だけでなく、解離レートといった速度論的要素に大きく影響されることがわかってきた。従って、速度論を考慮した高精度のリガンド分子設計を進めていくには、蛋白質やリガンドの種類によって解離レートが異なる原因を解明することが重要となる。本研究では、分子動力学シミュレーションにより、リガンド解離過程の自由エネルギー地形を計算し、解離レートに違いが現れる仕組みを調べた。特に重要なポイントは、リガンド結合サイトを取り囲む水分子の配置である。リガンドが蛋白質から離れる際、もとの結合サイトは水分子に置き換わる。そのため、解離過程のメカニズムを分子レベルで捉えるには、水のアクセスに注目した解析が不可欠である。本研究では、結合サイトへの水分子のアクセスを溶媒反応座標 として自由エネルギー地形を解析した。","subitem_description_type":"Abstract"}]},"item_10005_description_6":{"attribute_name":"会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等）","attribute_value_mlt":[{"subitem_description":"分子シミュレーション討論会","subitem_description_type":"Other"}]},"item_access_right":{"attribute_name":"アクセス権","attribute_value_mlt":[{"subitem_access_right":"metadata only access","subitem_access_right_uri":"http://purl.org/coar/access_right/c_14cb"}]},"item_creator":{"attribute_name":"著者","attribute_type":"creator","attribute_value_mlt":[{"creatorNames":[{"creatorName":"米谷, 佳晃"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"658755","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]},{"creatorNames":[{"creatorName":"米谷 佳晃","creatorNameLang":"en"}],"nameIdentifiers":[{"nameIdentifier":"658756","nameIdentifierScheme":"WEKO"}]}]},"item_language":{"attribute_name":"言語","attribute_value_mlt":[{"subitem_language":"jpn"}]},"item_resource_type":{"attribute_name":"資源タイプ","attribute_value_mlt":[{"resourcetype":"conference object","resourceuri":"http://purl.org/coar/resource_type/c_c94f"}]},"item_title":"蛋白質－リガンド解離過程の溶媒座標自由エネルギー地形解析","item_titles":{"attribute_name":"タイトル","attribute_value_mlt":[{"subitem_title":"蛋白質－リガンド解離過程の溶媒座標自由エネルギー地形解析"}]},"item_type_id":"10005","owner":"1","path":["29"],"pubdate":{"attribute_name":"公開日","attribute_value":"2018-12-03"},"publish_date":"2018-12-03","publish_status":"0","recid":"67020","relation_version_is_last":true,"title":["蛋白質－リガンド解離過程の溶媒座標自由エネルギー地形解析"],"weko_creator_id":"1","weko_shared_id":-1},"updated":"2023-05-15T20:42:24.034812+00:00"}