WEKO3
アイテム
自由エネルギー摂動法によるタンパク質安定化・リガンド改変
https://repo.qst.go.jp/records/2002015
https://repo.qst.go.jp/records/20020152a1aa0b9-2ae0-420a-896e-be6770d51890
| アイテムタイプ | 会議発表用資料 / Presentation(1) | |||||||
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| 公開日 | 2025-06-23 | |||||||
| タイトル | ||||||||
| タイトル | 自由エネルギー摂動法によるタンパク質安定化・リガンド改変 | |||||||
| 言語 | ja | |||||||
| 言語 | ||||||||
| 言語 | jpn | |||||||
| 資源タイプ | ||||||||
| 資源タイプ識別子 | http://purl.org/coar/resource_type/c_6670 | |||||||
| 資源タイプ | conference poster | |||||||
| 著者 |
櫻庭 俊
× 櫻庭 俊
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| 抄録 | ||||||||
| 内容記述 | 自由エネルギー摂動法(free-energy perturbation; FEP)は分子の一部構造を変更した場合の自由エネルギー差を求める事ができる手法であり、主に分子動力学シミュレーションなどと組み合わせて利用される。FEPを用いることで小分子-タンパク質の相互作用自由エネルギー、すなわち結合安定性を推定することが可能であるほか、タンパク質に変異を入れた際の安定性の変化、タンパク質-タンパク質の結合安定性の推定などにも適用でき、使用法によって様々な応用が可能である。当研究室ではFEP-suiteというFEPを実施するためのソフトウェアパッケージを開発し、ユーザーが自由に使えるようオープンソースソフトウェアとして公開している。FEP-suiteはMDソフトウェアパッケージに修正を加え、特にサンプリング法であるReplica-exchange with solute tempering(REST)法を組み込むことでシミュレーションの精度を稼ぐなど、他のソフトウェアパッケージをそのまま用いるだけでは難しい計算を可能にしている。本発表ではFEP-suiteの紹介を行う。リガンド-タンパク質間相互作用やタンパク質の安定化等ベンチマーク例を示すとともに、実応用例を紹介する。 | |||||||
| 会議概要（会議名, 開催地, 会期, 主催者等） | ||||||||
| 内容記述 | 第25回日本蛋白質科学会年会 | |||||||
| 発表年月日 | ||||||||
| 日付 | 2025-06-18 | |||||||
